Yayasan Pondok Pesantren Al-Mardliyah sebagai yayasan dari Pondok Pesantren KH. Zainuddin selalu berupaya untuk meningkatkan mutupendidikan di seluruh wilayahnya untuk berbagai jenjang pendidikan yang didukung oleh seluruh lapisan masyarakat, tidak terkecuali perguruan tinggi sebagai institusi pencetak tenaga profesional.
Sekolah Tinggi Agama Islam KH Zainuddin merupakan salah satu lembaga yang didirikan untuk mencetak lulusan-lulusan mahasiswa professional berbasis pesantren. Program Studi Ekonomi Syariah merupakan salah satu prodi yang ada di STAI KH Zainuddin Ponpes Mojosari Nganjuk.